Ministerstvo financí k vyvracení jakýchkoliv pochybností o tom, zda disponuje oficiálním nesouhlasem Evropské komise se zveřejněním draftu auditní zprávy týkající se nastavení systému proplácení strukturálních dotací v ČR uvádí, že už samotný návrh této auditní zprávy je hned v úvodu opatřen disclaimerem, že se jedná o prozatímní zjištění, závěry a doporučení auditorů EK, která mohou být měněna na základě dalších informací od národních orgánů. Proto má být dle této informace zpráva považována za důvěrnou do doby uzavření procesu a do doby vydání finálních zjištění.
Ministerstvo financí vítá, že NKÚ konstatoval zlepšení výběru daní. Řádný výběr daní je totiž jedním z hlavních úkolů každého státu a zároveň nejdůležitějším úkolem Finanční správy.
Ministerstvo financí odmítá tvrzení autorů studie Centra behaviorálních experimentů, podle kterých by zvýšení sazeb navrhované v tzv. sazbovém balíčku nemělo vést k očekávanému výnosu spotřebních daní. Není totiž pravdou, že by ve svých odhadech dopadů zvýšení sazeb na příjmy státního rozpočtu nevzalo do úvahy snížení spotřeby. Právě naopak.
Metodika tohoto výzkumu nám není známa, nicméně upozorňujeme, že v čele tohoto žebříčku se umístily země, které jsou vyhledávané a známé spíše díky svému preferenčnímu daňovému režimu, než robustností a kvalitou daňového systému.