Zabezpečuje nezávislé a objektivní ověřování, přezkoumávání a vyhodnocování stavu systémů, procesů, kontrolních a řídicích mechanismů ministerstva. Ověřuje soulad činností ministerstva s národními právními předpisy a předpisy EU a zajišťuje roli auditora kybernetické bezpečnosti. Vyhotovuje Střednědobý a Roční plán činnosti odboru a předkládá je ke schválení ministrovi. Informuje vedení ministerstva o pravidelném vyhodnocení plnění opatření k odstranění nedostatků zjištěných na základě provedených auditních akcí a kontrol. Spolupracuje s NKÚ, odborem Centrální harmonizační jednotka a s dalšími orgány státní správy ve věcech harmonizace a koordinace metodiky interního auditu ve veřejné správě. Zpracovává na základě podkladů poskytnutých útvary ministerstva odborná stanoviska ve věci nastavení kontrolních mechanismů u činností ministerstva. Koordinuje činnosti ministerstva při zpracování stanovisek ke kontrolním závěrům NKÚ.