Roční zpráva je předložena podle ustanovení § 22 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb. , o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), v platném znění, a jejím základním cílem je podat vládě ucelenou informaci o dalším rozvoji systému vnitřního řízení a kontroly dosaženého při implementaci jeho tří základních částí, a to systému finančního řízení a kontroly, systému interního auditu a jejich centrální harmonizace ve veřejné správě ČR. Struktura a rozsah zhodnocení výsledků finančních kontrol uvedené v roční zprávě vycházejí z  vyhlášky č. 416/2004 Sb. , kterou se provádí zákon o finanční kontrole (dále jen prováděcí vyhláška).
Roční zpráva charakterizuje dosažené výsledky a pokrok v rozvoji finanční kontroly a současně i slabá místa při zajišťování její úlohy v procesu řádné správy a řízení veřejných financí v orgánech státu a územní samosprávě. Roční zpráva zahrnuje též výsledky veřejnosprávních kontrol při správě prostředků poskytnutých z fondů Evropské unie. Podává rovněž přehled kontrolních zjištění předaných k dalšímu řízení.

• Vláda České republiky usnesením č. 506  ze dne 10.května 2006 vzala předloženou roční zprávu na vědomí.