Ministerstvo financí – Centrální kontaktní bod AFCOS v oblasti spolupráce zastřešuje oblast správního šetření, komunikuje s orgány činnými v trestním řízení, pokud jde o ochranu finančních zájmů EU, a s Generálním ředitelstvím cel jakožto gestorem za oblast ochrany příjmové stránky rozpočtu EU.

CKB AFCOS je mj. odpovědný za metodické řízení oblasti hlášení nesrovnalostí Evropské komisi a ochranu finančních zájmů EU obecně. K naplnění těchto úkolů pracuje s vybranými databázemi/informačními systémy a ze své úrovně spravuje a pravidelně aktualizuje přehled jejich uživatelů na národní úrovni. Z důvodu nutnosti zajištění ochrany osobních údajů fyzických osob zpracoval CKB AFCOS jednotný formulář – žádost o přístup. Formulář je určen pracovníkům implementační struktury fondů EU, kteří z titulu své pracovní náplně potřebují dané systémy (IMS, MS2014+(role AFCOS), EDES, SharePoint – Ochrana finančních zájmů EU) využívat.