Ministerstvo financí – Centrální kontaktní bod AFCOS v oblasti spolupráce zastřešuje oblast správního šetření, komunikuje s orgány činnými v trestním řízení, pokud jde o ochranu finančních zájmů EU, a s Generálním ředitelstvím cel jakožto gestorem za oblast ochrany příjmové stránky rozpočtu EU.