Nejvyšší kontrolní úřad provedl v době od února do července 2008 kontrolní akci č. 08/08 "Státní finanční aktiva a prostředky státního rozpočtu zahrnuté do kapitoly Operace státních finančních aktiv".

Kontrolní akce č. 08/08 "Státní finanční aktiva a prostředky státního rozpočtu zahrnuté do kapitoly Operace státních finančních aktiv" byla zaměřena na postupy při správě státních finančních aktiv, rozpočtování kapitoly 397 – Operace státních finančních aktiv a konkrétní provádění vybraných příjmových a výdajových operací.

Kontrolní závěr upozornil na některé nedostatky, k nimž Ministerstvo financí zpracovalo vysvětlující stanovisko a současně navrhlo přijetí takových opatření, jejichž realizace měla v budoucnu riziko opakování zjištěných nedostatků výrazně snížit či zcela eliminovat. Navržená opatření spočívala především v přípravě koncepce nového nastavení mechanismu peněžních operací s prostředky SFA a dále v zavedení účtování o skutečnostech, které se vztahují k příjmům a výdajům probíhajícím v kapitolách 398 – Všeobecná pokladní správa, 397 – Operace státních finančních aktiv a 396 – Státní dluh a o ostatních skutečnostech, které jsou předmětem účetnictví.