Odbor plní v ČR povinnosti a pravomoci spojené s přímým výkonem funkce auditního orgánu finančních prostředků pomoci EU poskytnutých ČR v rámci nástrojů jednotlivých politik EU a politiky soudržnosti v programových obdobích 2007-2013, 2014-2020 a 2021-2027 (dále též „příslušná programová období“) za účelem zajištění jednotného systému ochrany finančních zájmů zemí EU, a to v souladu se zákonem č. 320/2001 Sb., zákonem č. 255/2012 Sb., příslušnými právními předpisy EU a s přihlédnutím k mezinárodně uznávaným auditorským standardům.

Odbor zajišťuje výše uvedený výkon auditního orgánu pro strukturální fondy, fondy soudržnosti a Evropský rybářský fond v programovém období 2007-2013; Finanční mechanismy Evropského hospodářského prostoru / Norska 2014-2021; Azylový, migrační a integrační fond a Fond pro vnitřní bezpečnost v programovém období 2014-2020 a 2021-2027; Nástroj pro finanční podporu správy hranic a vízové politiky pro programové období 2021-2027; Evropské strukturální a investiční fondy (s výjimkou Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova) v programovém období 2014-2020 a 2021-2027; Nástroj pro oživení a odolnost; audity a mimořádná šetření na základě zvláštního pověření.

Pro programové období 2014-2020 odbor zároveň plnil funkci nezávislého auditního subjektu pro operační programy Evropských strukturálních a investičních fondů a nezávislého auditorského subjektu pro programy Azylového, migračního a integračního fondu a Fondu pro vnitřní bezpečnost.

Odbor zpracovává koncepci systému auditů zahraničních prostředků, vytváří metodiku pro výkon auditů vykonávaných auditním orgánem a plní zpravodajské povinnosti ve vztahu k orgánům EU i národním orgánům v souladu s předpisy EU a ČR. Účastní se jednání se zahraničními orgány a organizacemi zabývajícími se auditem ve vazbě na finanční prostředky pomoci EU poskytnuté v rámci politiky soudržnosti, účastní se auditních misí EK a EÚD, včetně pracovních skupin organizovaných na národní úrovni nebo v rámci resortu.