Nedostatky v programovém financování vznikaly nedostatečnou kontrolní činností jednotlivých správců programů. V kontrolovaném období nebyl ze strany vedení Ministerstva financí systém vždy plně podporován, nedocházelo k rozvoji jeho informačního systému a některé kontrolní mechanizmy, které by zabránily nedostatkům ze strany správců programů, v něm nebyly zapracovány. V nové verzi informačního systému, která vznikla v roce 2015, již není možné, aby u akcí a programů nebyly stanoveny parametry a indikátory. Ani k dalším nedostatkům, jako je umělé prodlužování programů, nemůže díky nově nastaveným pravidlům dojít. Rovněž je zajištěna řádná kontrola plnění cílů, parametrů a indikátorů.

V oblasti projektového dozoru NKÚ zpochybnil zadání několika veřejných zakázek, jejichž celková hodnota však představovala pouze zanedbatelný zlomek z kontrolovaných výdajů. Navíc se jednalo o veřejné zakázky malého rozsahu, jejichž proces zadávání zákon o veřejných zakázkách neupravuje. Ministerstvo financí upozorňuje, že uvedená pochybení spadají do období minulých vlád a s nástupem současného vedení zásadním způsobem změnilo a zprůhlednilo způsob zadávání veřejných zakázek, kdy buď nejsou JŘBU vypisovány vůbec nebo zcela minimálně z důvodu minulých závazků a dodavatelé jsou, na rozdíl od minulosti, vybíráni výhradně v otevřených řízeních.