Kontrola se týkala roku 2013. Ministerstvo financí se neztotožňuje s výkladem rozpočtových pravidel ze strany NKÚ. Vláda, potažmo ministr financí, jsou dle zákona oprávněni rozhodovat o použití prostředků ve vládní rozpočtové rezervě na rozpočtově nezajištěné potřeby a nezbytné či nepředvídatelné výdaje.

Žádosti o rozpočtová opatření jsou dlouhodobě a důsledně prověřovány Ministerstvem financí. To nic nemění na tom, že vláda má oprávnění rozhodnout o použití prostředků dle svého uvážení.

Ministr financí je rovněž oprávněn provádět rozpočtová opatření z kapitoly Státní dluh na zajištění rozpočtově nezajištěných potřeb – například zajištění vyšších odvodů do rozpočtu EU na konci roku 2013. Dovozování, že by tyto prostředky mohly být použity na snížení státního dluhu, je mylné.

V oblasti Programu rozvoje a obnovy materiálně technické základny regionálního školství zavedl ministr financí Andrej Babiš transparentní pravidla pro výběr projektů v rámci posílení kapacity základních škol v oblastech trpících suburbanizací.