Poslaneckou iniciativou byl při schvalování zákona o informačních systémech veřejné správy novelizován i zákon o účetnictví. Touto novelou se ukládá povinnost účetním jednotkám, které mají účetní závěrku ověřenou auditorem, aby tuto účetní závěrku zveřejňovaly i v Obchodním věstníku. Tato novela nebyla součástí vládního návrhu zákona o informačních systémech veřejné správy a Ministerstvo financí vyjádřilo zásadní nesouhlas s uložením této povinnosti.

Důvodem nesouhlasu byla skutečnost, že tyto účetní jednotky ukládají účetní závěrku do Sbírky listin Obchodního rejstříku, která je již v digitální podobě přístupná veřejnosti. Jedná se proto o nadbytečnou a duplicitní povinnost. Další negativní skutečností je to, že zveřejnění v Obchodním věstníku je zpoplatněno. Protože se jedná o nadbytečnou administrativní a finanční zátěž, bude Ministerstvo financí iniciovat zrušení této novely zákona o účetnictví.