Ministr financí Bohuslav Sobotka uložil oddělení interního auditu MF, aby prověřilo udělování souhlasu k prodeji majetku státních podniků v letech 2000-2003 a to na základě výsledků zprávy NKÚ "Hospodaření s majetkem státu a finančními prostředky při likvidaci státních podniků".

Ve 2. polovině roku 2005  uskutečnil NKÚ kontrolní akci zaměřenou na hospodaření s majetkem státu a finančními prostředky při likvidaci státních podniků. Kontrolní akce se zaměřila na celé období, po které likvidace státních podniků probíhají a kromě činnosti (kompetence) MF v procesu likvidace státních podniků byl prověřován i postup samotných likvidátorů a resortů, které likvidátory jmenují a jimž jsou také odpovědni (MPO, MMR).

V procesu likvidace je působnost MF omezena pouze na poskytování souhlasu či nesouhlasu se žádostmi likvidátorů (odsouhlasenými příslušnými resortními ministerstvy) a zpeněžení majetku likvidovaných podniků jiným způsobem než veřejnou dražbou.

V kontrolní zprávě NKÚ není MF vytýkáno porušení právních předpisů. Výhrady úřad vznesl k některým případům souhlasu ministerstva s požadavkem upřednostnění přímého prodeje před veřejnou dražbou státního majetku. Uvedené výtky byly kontrolním pracovníkům vysvětleny, bylo doloženo, že došlo k provedení metodických opatření v době po realizaci uvedených případů, příslušná agenda přešla v roce 2003 do působnosti jiných útvarů ministerstva.

Za nejvýznamnější výhradu NKÚ lze považovat námitku malé transparentnosti při udělení souhlasu bývalého vedení MF (dne 13. září 2001) s přímým prodejem sítě čerpacích stanic a dalšího majetku státního podniku BENZINA, „v likvidaci“ do vlastnictví státem ovládané společnosti ČEPRO a.s. za cenu 772 mil. Kč, a to pod podmínkou uplatnění konkrétních závazků jako převzetí případných nákladů za sanaci ekologických zátěží na čerpacích stanicích, převzetí zaměstnanců, včasný podpis kupní smlouvy a úhrada kupní ceny. Za kontrolu plnění těchto podmínek pak odpovídal příslušný likvidátor. 
Uvedenou žádost likvidátorky s.p. BENZINA „v likvidaci“, podporovanou MPO, příslušný odbor MF nedoporučil odsouhlasit. Tehdejší vedení ministerstva však dospělo k závěru o důvodnosti  přímého prodeje čerpacích stanic za uvedených podmínek společnosti ČEPRO a.s. a rozhodlo souhlas k prodeji likvidátorce vydat a nenabízet majetek ke zpeněžení cestou veřejné dražby.

Kontrolní zpráva dále obsahuje výhrady nikoliv vůči činnosti MF, ale likvidátorů samotných. Zejména je jim vytýkána nepřiměřenost vynakládaných nákladů v průběhu likvidačního procesu. Uvedené výhrady směřují také vůči příslušným resortům, kterým likvidátoři v dané oblasti odpovídají. Proto MF vyzvalo MPO a MMR ke sdělení, jaká opatření byla přijata ke kontrolním závěrům NKÚ.
V první polovině měsíce dubna MF podá vládě informaci o výsledku kontrolní akce včetně přijatých a realizovaných návazných opatření na MF, ale i jiných ministerstvech.

Závěrem nutno dodat, že ke kvalitě práce MF při výkonu kontrolované agendy po jejím převedení do jiného odborného útvaru v roce 2003 (nové vydání schvalovacího řádu MF, který  zpřesňuje postupy využívané při přípravě a projednání jednotlivých případů, rozšiřuje počet členů komise a činnost „připomínkových“ míst) nebyla ze strany NKÚ vznesena žádná námitka.