Odbor spravuje a koncepčně a metodicky řídí toky finančních prostředků z rozpočtu EU a zahraničí poskytnuté ČR v rámci fondů EU programového období 2021-2027, Evropských strukturálních a investičních fondů programového období 2014-2020 (ESIF), předvstupních nástrojů, nástrojů – Transition Facility, Finančních mechanismů EHP/Norska, Programu švýcarsko-české spolupráce a Fondu solidarity EU. Působí v roli platebního orgánu, který vykonává účetní funkci, pro programy spolufinancované z fondů EU, dále v roli Platebního a certifikačního orgánu (PCO) pro programy spolufinancované z ESIF a FM EHP/Norska, spravuje účty, zajišťuje evidenci peněžních prostředků Národního fondu (NF) a plní výkaznické povinnosti ve vztahu k orgánům EU, národním orgánům, Kanceláři finančních mechanismů a Švýcarskému velvyslanectví v Praze. V rámci společné zemědělské politiky (SZP) vykonává funkci kompetentního/příslušného orgánu odpovědného za akreditaci platební agentury určené k provádění opatření SZP a za určení certifikačního subjektu.