Odbor za Českou republiku zastřešuje oblast ochrany finančních zájmů EU; vykonává činnosti související s plněním funkcí Centrálního kontaktního bodu sítě AFCOS, Národního reportovacího orgánu pro Program švýcarsko-české spolupráce v příslušných programových obdobích. Zabezpečuje koordinaci řešení nesrovnalostí a odstraňování jejich důsledků s finančním dopadem odhalených při plnění veřejných rozpočtů. Na úrovni resortu ministerstva financí zabezpečuje vyřizování stížností a petic podle právních předpisů. Koordinuje v resortu ministerstva plnění úkolů boje proti korupci a podílí se na plnění opatření vládního programu boje proti korupci.