Odbor v souladu s přímo aplikovatelnými právními předpisy EU plní roli AO finančních prostředků pomoci EU poskytnutých ČR v rámci nástrojů jednotlivých politik EU, politiky soudržnosti v jednotlivých programových obdobích za účelem zajištění jednotného systému ochrany finančních zájmů zemí EU. Plní funkci nezávislého auditního subjektu pro OP ESI fondů vyhotovuje před předložením první žádosti o platbu EK zprávu a stanovisko, na jejichž základě se provádí určení řídicích orgánů a certifikačního orgánu. Realizuje výkon AO ESI fondů (s výjimkou Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova) v programovém období 2014 – 2020 a strukturálních fondů, fondů soudržností a Evropského rybářského fondu v programovém období 2007 – 2013. Zajišťuje výkon AO ve věcech finančních prostředků fondů obecného programu „Solidarita a řízení migračních toků“ v období 2008 - 2013, FM EHP/Norsko 2009 – 2014 a FM EHP/Norsko 2014 – 2021. Plní funkci AO a funkci nezávislého auditorského subjektu pro AMIF a FVB v programovém období 2014 - 2020. Zpracovává koncepci systému auditů zahraničních prostředků, vytváří metodiku pro výkon auditů vykonávaných AO a plní zpravodajské povinnosti ve vztahu k orgánům EU i národním orgánům v souladu s předpisy EU a ČR. Účastní se jednání se zahraničními orgány a organizacemi zabývajícími se auditem ve vazbě na finanční prostředky pomoci EU poskytnuté v rámci politiky soudržnosti, účastní se auditních misí EK a EÚD, včetně pracovních skupin organizovaných na národní úrovni nebo v rámci resortu.