Odbor vytváří v návaznosti na právní předpisy EU koncepci legislativního rámce systému finanční kontroly ve veřejné správě a přezkoumávání hospodaření územních samosprávných celků, městských částí hl. m. Prahy, DSO a Regionálních rad regionů soudržnosti (dále jen „přezkoumávání hospodaření a DSO“) včetně harmonizace právní úpravy. V těchto oblastech odbor vystupuje jako koordinátor vztahů vůči orgánům EU. Zabezpečuje legislativní činnost v oblasti finanční kontroly ve veřejné správě a přezkoumávání hospodaření. Je gestorem zákona o finanční kontrole č. 320/2001 Sb. a zákona č. 420/2004 Sb.. Zajišťuje metodické řízení finanční kontroly, včetně koordinace plánování veřejnosprávních kontrol veřejné finanční podpory a přezkoumávání hospodaření. Metodicky usměrňuje řízení rizik na ministerstvu. Vypracovává příslušné metodické dokumenty a zajišťuje odbornou přípravu zaměstnanců voblasti finanční kontroly a přezkoumávání hospodaření, včetně zpracování metodických dokumentů týkajících se moderních metod řízení, zejména metod strategického řízení, řízení rizik, finančního řízení, řízení souladu, procesního řízení a procesní optimalizace, projektového řízení, řízení výkonu (3E – účelnost, efektivnost a hospodárnost). Řídí a koordinuje oblast centrálního nákupu státu a v souvislosti s realizací centrálních nákupů poskytuje metodickou podporu. Vyhodnocuje a analyzuje výsledky provedených finančních kontrol; navrhuje celostátní systémová opatření na úseku finanční kontroly. Zabezpečuje veškeré svodné, zpravodajské a analytické činnosti spojené s gescí ministerstva v oblasti finanční kontroly ve veřejné správě.