V souladu s platnými předpisy vykonává následnou veřejnosprávní kontrolu veřejných prostředků podle § 7 odst. 2 zákona č. 320/2001 Sb. Vykonává podle zvláštních právních předpisů přezkoumávání hospodaření ÚSC. Spolupodílí se na tvorbě koncepce kontrolní činnosti státu. Analyzuje a vyhodnocuje výsledky provedených finančních kontrol ve veřejné správě a podílí se na zpracování roční zprávy o jejích výsledcích, podílí se na navrhování celostátních systémových opatření na úseku finanční kontroly. V případě kontroly prostředků ze zahraničí plní roli Národního kontrolního orgánu pro Program švýcarsko-české spolupráce, FS EU, PHARE/Transition Facility (1999, 2003), FM EHP/Norsko (2004 – 2009).