Pokyn k postupu při zpracovávání prohlášení při ukončení pomoci ze strukturálních fondů a prohlášení při ukončení projektu z Fondu soudržnosti.

Metodická příručka pro výkon řídící kontroly v orgánech veřejné správy.

Pokyn upravující metodiku výběru vzorku pro prověřování správnosti operací při výkonu finanční kontroly ve veřejné správě.

Metodická pomůcka pro audit výkonu v orgánech veřejné správy.

Pokyn pro výkon auditu shody v orgánech veřejné správy.

Pokyn ke zpracování plánů činnosti útvary interního auditu na základě analýzy rizik pro strukturální fondy a Fond soudržnosti.

Pokyn pro jednotné provádění kontroly vzorku operací a projektů v rámci strukturálních fondů a Fondu soudržnosti.

Pokyn k jednotnému uplatňování závazných pravidel a doporučení pro systém řízení rizik v orgánech veřejné správy.

Metodická pomůcka obsahující výklad pojmů, podklady a pokyny pro hlášení zjištěných nesrovnalostí s vazbou na Nejvyšší státní zastupitelství a Evropský úřad pro potírání podvodných jednání (OLAF).