Hlavním cílem Manuálu je poskytnout vedení orgánu veřejné správy, vedoucím útvarů interního auditu a interním auditorům pomůcku ke sjednocení přístupu při zabezpečování a zvyšování kvality činnosti útvaru interního auditu.

Pokyn upravující metodiku výkonu finančního auditu ve veřejné správě.

Stanovisko odboru Kontrola Ministerstva financí ČR k žádosti skupiny auditorů krajských úřadů o posouzení a vydání stanoviska ve věci externího hodnocení kvality interního auditu v útvarech interního auditu krajských úřadů a Magistrátu hlavního města Prahy.

Pokyn upravující metodiku hlášení nesrovnalostí zjištěných při implementaci strukturálních fondů, Fondu soudržnosti, Evropského rybářského fondu a v rámci financování společné zemědělské politiky Evropskému úřadu pro boj proti podvodům (OLAF). Listopad 2009 – 2. novelizace.

Pokyn k jednotnému uplatňování procesních pravidel při výkonu veřejnosprávní kontroly na místě a při realizaci následných opatřeních s touto kontrolou souvisejícich (s komentářem) a  Přehled doporučených vzorů písemností používaných při výkonu veřejnosprávní kontroly na místě a následných opatření s touto kontrolou souvisejících.

Pokyn k jednotnému uplatňování závazných pravidel a doporučení pro výkon interního auditu v orgánech veřejné správy. Září 2009 – 1. novelizace.

Etický kodex interního auditora a přehled doporučených vzorů písemností používaných při výkonu interního auditu a při následných opatřeních souvisejících s tímto auditem - září 2009

Metodika finančních toků a kontroly programů spolufinancovaných ze strukturálních fondů, Fondu soudržnosti a Evropského rybářského fondu na programové období 2007 – 2013 vytváří základní rámec přístupu k finančnímu řízení a kontrole strukturálních fondů, Fondu soudržnosti a Evropského rybářského fondu. Metodika byla vypracována v souladu s právními předpisy Evropského společenství a právními předpisy České republiky. S platností od 1. října 2009.

S platností od 1. ledna 2007.
Metodika finančních toků a kontroly strukturálních fondů a Fondu soudržnosti vytváří základní rámec přístupu k finančnímu řízení a kontrole strukturálních fondů a Fondu soudržnosti. Metodika byla vypracována v souladu s právními předpisy Evropského Společenství a právními předpisy České republiky. Metodika již není aktuální.

Ministerstvo financí – Centrální harmonizační jednotka pro finanční kontrolu vydává na základě § 7 odst. 1 pís a),b) a § 25 zákona odst. 1 a 4 č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů, ve znění pozdějších předpisů, metodickou pomůcku k nastavení řídící kontroly podle COSO ERM se zaměřením na řízení rizik v orgánech státní správy. Platnost od: leden 2007.