Metodický pokyn pro výkon kontrol v odpovědnosti řídicích orgánů při implementaci Evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014 – 2020 (dále jen „metodický pokyn“) předkládá Ministerstvo financí (odbor 47 – Centrální harmonizační jednotka) v rámci své působnosti stanovené § 7 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole).

Metodický pokyn je jedním ze souboru metodických dokumentů vypracovaných pro programové období 2014 – 2020 a v souladu s koncepcí jednotného metodického prostředí odkazuje na úpravu dalších metodických dokumentů pro programové období 2014 až 2020. S ohledem na specifičnost jednotlivých operačních programů je metodický pokyn zpracován v obecné rovině a obsahuje základní pravidla pro nastavení řídicího a kontrolního systému řídicího orgánu a pravidla pro výkon kontrol operací, které řídicí orgán vykonává u zprostředkujícího subjektu, žadatele/příjemce veřejné finanční podpory. S cílem hájit finanční zájmy EU a ČR je v metodickém pokynu rovněž věnována pozornost prevenci vzniku nesrovnalostí a jejich odhalování.

Vláda schválila Metodický pokyn 27. října 2014 Usnesením vlády České republiky č. 867/2015. Usnesení bylo změněno dne 8. července 2015 Usnesením č. 540/2015, o postupech spojených s přípravou, řízením, realizací, monitorováním a vyhodnocováním Programu rozvoje venkova na období let 2014 až 2020.

Dne 16. srpna 2016 vydalo Ministerstvo financí dopisem náměstka pro řízení sekce Finanční řízení a audit metodický dopis, kterým byl metodický pokyn aktualizován. Metodický pokyn, verze 2 nabyl účinnosti 1. října 2016. Důvodem úprav bylo především přijetí zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek (dále ZZVZ) a jeho účinnost od 1. října 2016, upřesnění definice kontrol, změny v nastavení informačního systému MS2014+ a zpřesnění pasáží k finančním nástrojům a indikátorům podvodu. Výčet upravených oblastí: zavedení pojmů „Monitorovací návštěva“ a „Kontrola od stolu“ a upřesnění pojmů „Kontrola“, „Kontrola na místě“ a „Kontrola od stolu“ ; upřesnění použití nástroje sebehodnocení a postupů v oblasti indikátorů podvodu; upřesnění provádění kontroly finančních nástrojů; kontrola veřejných zakázek a vydání Kontrolních listů pro kontrolu veřejných zakázek dle ZZVZ a zakázek v působnosti Metodického pokynu pro oblast zadávání zakázek pro programové období 2014–2020 (dále MP zakázky 2014–2020); upřesnění dokumentů týkající se veřejnosprávní kontroly (Vzory, Kontrolní listy).

Během roku 2017 provedlo Ministerstvo financí rozsáhlou aktualizaci metodického pokynu. Aktualizovanou verzi metodického pokynu vydalo Ministerstvo financí dne 7. února dopisem ministryně, metodický pokyn verze 3 nabývá účinnosti 1. dubna 2018. Předmětem úprav bylo kromě formálních úprav (sjednocení textu, odstranění duplicitních textů a vyjasnění pojmů, vizuální úpravy) i zásadní věcné úpravy. Mezi nejdůležitější patří ukotvení způsobu zadávání údajů o kontrolách a stanovení lhůt, do kdy musí být informace o uskutečněných kontrolách evidovány v systému.

Zásadní věcné úpravy:

• rozšíření předmětu kontroly o podezření na podvod, ověření vazeb dodavatele a zadavatele v ARACHNE, střet zájmu, soulad dokumentace v monitorovacím systému;
• upřesnění k oddělitelnosti funkcí v kap. 2.5;
• přepracování kapitoly č. 2.13 Informační systém a evidence výsledků kontrol a doplnění Přílohy č. 5 Povinné datové položky;
• doplnění nové kapitoly Analýza rizik 2.14;
• přepracování části 3 k Administrativnímu ověření především AdO ŽoP (zpřesnění u účetních dokladů) a v obecné části upravena pasáž k úplnému vykazování výdajů (kap. č. 2.10);
• doplnění nové části 4 Monitorovací návštěva;
• u Kontrol na místě v kap. 5.4 úprava termínů pro vložení plánů veřejnosprávních kontrol do MKP, doplnění důvodů pro zahájení kontroly, upřesnění rozsahu protokolu o kontrole, úprava některých formulářů;
• část 6 Indikátory podvodu;
• vizuální přepracování Přílohy č. 2 Nástroj pro sebehodnocení, upravení vysvětlení a vložení několik souhrnných listů (Souhrn rizik, Souhrn existujících kontrol);
• doplnění kontrolního listu pro kontrolu zakázek de MP Zakázky, verze 4 a úprava otázek ke Změně závazku ze smlouvy;
• vydání metodického stanoviska č. 1 k Metodickému pokynu pro výkon kontrol v odpovědnosti řídících orgánů při implementaci ESIF pro období 2014-2020 verze 3.

Dokumenty ke stažení

• Metodický pokyn pro výkon kontrol v odpovědnosti řídicích orgánů při implementaci Evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014 – 2020 verze 3PDF (1879kB)
• Metodické stanovisko č. 1 k Metodickému pokynu pro výkon kontrol v odpovědnosti řídících orgánůPDF (167kB)
• Příloha č. 1 – Obecný kontrolní list - verze 3 XLSX (16kB)
• Příloha č. 2 – Nástroj na sebehodnocení - verze 3XLSX (130kB)
• Příloha č. 3 – Vzory – verze 3PDF (864kB)
• Příloha č. 4 – Kontrolní listy dle zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek a MP Zakázky 2014 – 2020 – verze 3ZIP (564kB)
• Příloha č. 5 – Povinné datové položky – verze 3XLSX (32kB)
• 2018-02-07 – Metodický pokyn pro výkon kontrol v odpovědnosti řídicích orgánů při implementaci Evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014 -2020 verze 3ZIP (3613kB)
• 2016-08-16 – Metodický pokyn pro výkon kontrol v odpovědnosti řídicích orgánů při implementaci Evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014 -2020 verze 2ZIP (2436kB)
• 2014-11-20 - Metodický pokyn pro výkon kontrol v odpovědnosti řídicích orgánů při implementaci Evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014 – 2020 - verze 1ZIP (933kB)
• Usnesení vlády České republiky č. 540 ze dne 8. července 2015PDF (151kB)
• Usnesení vlády České republiky č. 867 ze dne 27. října 2014PDF (57kB)