Metodický pokyn předkládá Ministerstvo financí (odbor 47 – Centrální harmonizační jednotka) v rámci své působnosti stanovené § 7 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole). Metodický pokyn verze 3 nabývá účinnosti 1. dubna 2018.

Centrální harmonizační jednotka vydává stanovisko č. 3/2020 k problematice výkonu interního auditu kvality.

Centrální harmonizační jednotka vydává stanovisko č. 2/2020 k možnostem kontroly kofinancovaných projektů.

Centrální harmonizační jednotka vydává stanovisko k průběhu řídicí kontroly při darování nebo bezúplatném převodu majetku.

Pro usnadnění práce kontrolním orgánům veřejné správy byla zpracována uživatelská příručka, která provází kontrolní orgán „krok za krokem“ při zadávání hlášení o závažném zjištění podle ustanovení § 22 odst. 5. zákona č. 320/2001 Sb. (zákon o finanční kontrole). S účinností od 15.5.2020 je vydávána verze č. 2 této příručky.

Ministerstvo financí vydává aktualizovaný Metodický pokyn CHJ č. 4, jehož cílem je stanovit formu a náležitosti podnětu zasílaného orgánům finanční správy, stejně jako nároky na další podklady dokládající zjištění poskytovatelů nebo jiných kontrolních orgánů, které musí být součástí podnětu.

Centrální harmonizační jednotka vydala stanovisko ve věci zveřejnění zprávy o výsledku přezkoumání hospodaření, aby bylo v souladu s požadavky zákona č. 99/2019 Sb., o přístupnosti internetových stránek a mobilních aplikací.

Centrální harmonizační jednotka vydává stanovisko ve věci povinnosti poskytnout zprávu o výsledku přezkoumání hospodaření podle zákona o svobodném přístupu k informacím přezkoumávajícím orgánem.

Ministerstvo financí vydává stanovisko ke vztahu zákona o přezkoumávání hospodaření a kontrolního řádu.

Ministerstvo financí v rámci své metodické činnosti vydává stanovisko, které upřesňuje povinné subjekty, které mají povinnost předkládat informaci o závažných zjištěních, předmět informace o závažných zjištěních, termín a způsob jejich předložení.